Στη μείωση της «κακής» χοληστερίνης συντελούν, επίσης, και τα πολυακόρεστα λιπαρά, στα οποία ανήκουν τα ω-3 και τα ω-6. Ωστόσο, υπάρχουν ενδείξεις ότι μειώνουν και την «καλή» χοληστερίνη, γεγονός που αποτελεί και την κυριότερη αρνητική επίδρασή τους στον οργανισμό. Παρόλα αυτά, τα συγκεκριμένα λιπαρά φαίνεται ότι λειτουργούν προστατευτικά κατά των καρδιαγγειακών νοσημάτων. Τρόφιμα πλούσια σε πολυακόρεστα λιπαρά οξέα είναι: τα λιπαρά ψάρια (σολομός, σαρδέλες, σκουμπρί κλπ) και τρόφιμα φυτικής προέλευσης, όπως π.χ. τα καρύδια.